苏州博物馆的展馆有：新石器时代和吴文化文物的展厅、影视厅、多功能厅、特展厅、现代艺术展厅。
常设展厅：新石器时代和吴文化文物的展厅，影视厅、多功能厅都安排在院落地下室。
特展厅、现代艺术展厅：现代艺术展厅位于东路的首层，特展厅位于负一楼，特展厅和现代艺术展厅不定期地举办海内外现代艺术品展览，以丰富市民的文化生活。
博物馆在形式上分为三部分。中心部分是入口处、大厅和博物馆花园；西部为展区；东部为现代美术画廊、教育设施、茶水服务以及行政管理功能等，该部分还将成为与忠王府连接的实际通道。
苏州博物馆展厅介绍：
苏州博物馆的基本陈列展厅只有一层，该馆展区设有“吴地遗珍”、“吴塔国宝”、“吴中风雅”、“吴门书画”这4个常设展厅：其中“吴地遗珍”系列包括晨光熹微、争伯春秋、锦绣江南、都会流韵四个主题展室；
“吴塔国宝”系列包括瑞光寺塔佛教文物和虎丘云岩寺塔佛教文物两个主题展室；“吴中风雅”系列包括书斋长物、陶冶之珍、攻玉巧技、雕镂神功、文房雅事、闲情偶寄、墨戏草堂（即宋画斋，室外）、锦绣浮生展厅；“吴门书画”尤以吴派及吴派源流诸子、四王吴恽及其源流诸子、扬州画派诸子等作品居多。
