马来西亚航空已于2020年3月31日恢复部分国际航班，恢复的航班包括吉隆坡飞往奥克兰、墨尔本、悉尼、珀斯、雅加达和广州。其他航班暂时未恢复，马来西亚国内航班已恢复航行。
目前马来西亚仍然对中国游客入境进行管制，马来西亚全域禁止中国湖北、浙江及江苏籍公民入境。一般体现于护照上显示的出生地和护照签发地。不论国籍，只要14天内曾前往湖北、浙江和江苏地区的人，在14天内不能入境马来西亚。
如果护照显示出生地为湖北、浙江及江苏，但是近半个月内没有去过这些地方，马移民局有权进一步询问并查验机票，一般体现于海关要求的健康申报，提交2-3个月内的行程，判断过往航班记录。
每一个入境的人都必须在国际入境口处接受体温检查，被拒绝入境的人将由所搭乘的航空公司安排后续回程事宜。本身马来海关就会根据各种原因拒绝游客入境，因为疫情的影响，如果游客体温不正常或者是身体表现出异样，在这段期间也有可能会被拒绝入境。
目前，位于马来西亚柔佛州新山的新加坡-马来关口已对中国公民关闭。所以不能经过陆路从马来前往新加坡，如果需要前往新加坡或第三国的中国公民，可以选择从马来的新山或吉隆坡机场出境。
对于入境马来沙巴州所有浙江，江苏，湖北籍居民，无论持任何签证，无论直飞或转机，都禁止入境沙巴州；所有持旅游签证的中国游客，无论直飞或转机，一律禁止进入沙巴；持沙巴工作准证、学生签证等长居证的中国公民（湖北、浙江、江苏除外），入境后需居家隔离14天；沙巴主要城市及景点：亚庇、仙本那，山打根，诗巴丹等
对于入境马来沙捞越州禁止所有中国公民以及在过去14天内到访过中国的外籍人员进入沙捞越。持工作签证、留学签证以及长期居留许可的外籍人员除外，但必须强制居家隔离14天。
对于入境口岸关卡：自3月5日起，马来全国所有口岸的自动关卡和电子关卡暂时关闭，所有游客都需要通过人工柜台办理出入境手续。
