可可托海三号矿脉蕴藏着稀有金属铍、锂、钽、铌、铯等；有色金属铜、镍、铅、锌、钨、锰、铋、锡等；黑色金属铁等；非金属矿物云母、长石、石英、重晶石、兰晶石、石灰石、煤、盐、碱
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景区地貌：
可可托海镇地处山地，地势西高东低、南高北低，高度在海拔1200—2226米之间；境内最高点神钟山位于阿尔泰山东部，海拔2226米；最低点位于文化西路社区，海拔1167米。
气候
可可托海镇属温带大陆性气候，其特点是冬寒夏凉，素有“中国寒极”之称。平均气温年较差42.1℃。无霜期年平均156天，最长达175天，最短为133天。年平均日照时数2882.7小时，0℃以上持续期215天，年平均降水量209.7毫米。
水文
可可托海镇境内最大的河流为额尔齐斯河，由东向西流经全镇，向西南流入富蕴县城，长20千米。
自然资源
可可托海镇境内已探明地下矿藏为锂矿，地质储量4亿立方米，可采储量为2.6亿立方米，集中分布在南部三号矿脉一带；地下水资源可利用量为1460万立方米。
自然灾害
可可托海镇主要自然灾害有雪灾、寒潮、融雪性洪灾等。雪灾平均三年一遇，最严重的一次雪灾发生在2010年1月上旬，平均积雪厚度超过1米，气温降至-43.8℃，造成直接经济损失320万元。
