南山寺里的寺庙有仁王殿、大雄宝殿、东西配殿、钟鼓楼、转轮藏、法堂、禅堂、斋堂、观音院、方丈院等。
依山就势，错落有致，庄严肃穆，清净幽雅。入其境也，正如《华严经·入法界品》所说：“泉流萦映，树林蓊郁，香草柔软，右旋布地，观自在菩萨于金刚宝石上结跏趺坐，无量菩萨皆坐宝石，恭敬围绕，而为宣说大慈悲法”。
仁王殿
仁王殿内供奉寺庙门神哼哈二将，明清后，这种殿式建筑逐渐演变成牌坊式建筑——山门。
大雄宝殿
殿内供奉主尊为释迦牟尼佛、阿弥陀佛和药师佛，还有文殊、普贤、迦叶、阿难、帝释、梵天、两尊供养菩萨和十六罗汉塑像。
东西配殿
东西配殿有伽蓝殿、祖师殿、观音殿、药师殿等。寺院的主要生活区常集中在南北中轴线左侧。
钟鼓楼
钟楼内悬大钟，鼓楼内置大鼓。院中置有烧香祈福的香炉，每一个香客都十分虔诚，大家恭恭敬敬焚香三柱，口中默默有词，香炉青烟缭绕，送走芸芸众生的诸多祈愿。
三十三观音堂
是一座展示观音文化、财神文化、民俗文化为一体的佛教文化场所，占地3300平方米，投资六千多万元兴建，由130余名工艺师，历时四载精心打造而成。
法堂
藏经阁，又称法堂，是寺院讲经说法藏经的场所。
禅堂
禅堂日常十四支香行止仪规之早香板、早四支香、早六支香。
斋堂
据悉，南山寺常年以形式多样的慈善活动弘法利生，扶贫济困，福泽社会，其中，每年的腊八节免费施粥是其中的活动之一。
观音院
是一座展示观音文化、龙五爷财神文化、民俗文化为一体的佛教文化场所，院内主要供奉的有观世音菩萨三十三种应化法身群像、观世音菩萨三灾八难浮雕全图、观世音菩萨十二大愿转经柱、人间第一财神龙五爷、天下第一聚宝盆、南海第一祈福龙门等等。
方丈院
居山面海的祖国最南端的大型佛教寺院，素有“海天丛林”之称。南山寺的晨钟暮鼓，梵音佛乐，在南海之滨，南山脚下一遍又一遍地回荡，充满庄严肃穆的气氛。自寺院建成开放以来，在海内外产生了广泛的影响。
